Agriculture 2025, 15(14)
Vemulapati et al.
Une étude métagénomique de la vigne basée sur le séquençage à haut débit a été menée dans toutes les provinces canadiennes productrices de raisin (Colombie-Britannique, Ontario, Nouvelle-Écosse et Québec) dans le but de mieux comprendre la composition du virome de la vigne. Au total, 310 échantillons composites de vigne représentant neuf cultivars de Vitis vinifera rouge, cinq cultivars de V. vinifera blanc, sept cultivars de Vitis vinifera rouge américain-français et cinq cultivars hybrides de Vitis vinifera blanc ont été analysés.
Les résultats de cette étude ont révélé la présence de 20 virus et de 3 viroïdes dans les échantillons testés. Douze virus, qui figurent sur la liste des virus réglementés dans le cadre de la certification de la vigne, ont été identifiés dans cette étude. Les principaux virus détectés dans cette étude et leurs taux d'incidence sont GRSPaV (26% à 100%), GLRaV-2 (1% à 18%), GLRaV-3 (15% à 63%), GRVFV (0% à 52%), GRGV (0% à 52%), GPGV (3,3% à 77%), GFkV (1,5% à 31,6%), et GRBV (0% à 19,4%).
Cette étude est la première étude complète du virome utilisant l'ARNdb viral et une approche métagénomique sur des échantillons de vigne provenant des provinces de la Colombie-Britannique, de l'Ontario, de la Nouvelle-Écosse et du Québec au Canada. Les résultats de cette étude mettent en évidence la distribution des viromes de la vigne dans les quatre principales régions viticoles et leurs cultivars. Les résultats de cette étude soulignent la nécessité de renforcer les options de gestion actuelles pour atténuer l'impact de la propagation du virus et de mettre en œuvre un programme national de nettoyage des plants de vigne afin d'améliorer l'état sanitaire de l'écosystème de la vigne.
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